Я думаю они перенаправлются в “HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\VirtualStore” на самом деле. Просто все подключи из “Software\Classes” видны еще и в “HKEY_CLASSES_ROOT”. Я об этом как раз недавно писал: http://blog.not-a-kernel-guy.com/2006/12/25/120

немного странно

Я действительно не знаю всех деталей касательно использования этих каталогов. Я могу только предполагать зачем они нужны и как используются. Тем не менее, я думаю что вы делаете неверные выводы исходя из неверных предпосылок. Я постараюсь разобраться что к чему и оформлю ответ отдельным постом.

“c:\WINDOWS\Installer” – если имеет отношения к Add/Remove Programs то весьма косвенное, и единственное применение этого каталога обнаруженное мной в следующем:
ярлычки на программы установленные Windows Installer’ом завянные на вызов конкретных exe файлов ссылаются не на иконки этих exe файлов, а на иконки просто копий тех же exe файлов (адрес см ниже) но с другим именем, которые конечно не могут работать отдельно от библиотек, которых нет рядом (откровенная профанация)

адрес
%SystemRoot%\Installer\{…CLSID…}\someproductname.exe

Очень странен сам способ хранения в каталогах файловой системы и без того неэффективной с длинными названиями соответствующими CLSID
Наверно такое трюкачество нужно, чтобы показать, что если вы удалите этот “очень важный” каталог, то у Вас … ОЙ пропадут иконки …
получается такой каталог “копий иконок” обычно мегабайт на 300

про c:\WINDOWS\system32\dllcache
для того чтобы убедиться, что каталог dllcache – это всего лишь никак не используемая свалка копий исполняемых модулей достаточно воспользоваться утилитой ProcessExplorer. В среднем это около пол гига украденных у пользователя.
Даже, если это был бы действительно кеш, любому маломальски опытному человеку понятно, что скорость доступа к файлам в каталоге такой длинны будем еще хуже чем к их оригиналам.

каталог “копий иконок” и мнимый dllcache в сумме обходятся пользователям обычно примерно в гигабайт украденного у них свободного места на жестком диске.

И это далеко не все методы отъема гигабайтов у населения, а всего лишь самые сомнительные из них

Жаль, что судиться с MS по этому поводу даже в американском суде бесполезно так как “AS IS”

“c:\WINDOWS\Downloaded Installations” – сюда, видимо, Windows Installer складывает скачанные .msi для устанавливаемых ActiveX и прочих on-demand компонентов. Не знаю можно ли их безопасно удалить?

“c:\WINDOWS\Installer” – имеет отношение к Add/Remove Programs. По-идее эти файлы используются для корректного удаления и восстановления установленных программ. Удалять нельзя.

“c:\WINDOWS\system32\dllcache” – это насколько я помню имеет отношение к механизму System File Protection механизм. В свое время были жаркие дискусии по этому поводу. Здесь google поможет наверняка. Можно удалить, но со временем эта папка восстановиться.